 |
 |
 |
 |
 |
|
|
 |
|
|
|
|
 |
Logboek
| Arthur | Notulen 31 januari 2001 | 2001-01-31 18:54:08 |
| De notulen van 31 januari 2001 staan hier. | ||
| Jop | Notulen 29-1-2001 | 2001-01-29 15:07:35 |
| De notulen van maandag 29 januari 2001 | ||
| Dik, Gerben en Ildikó | fys. probleem | 2001-01-26 14:26:07 |
| Meneer Dijkstra heeft misschien een matrix die een fysisch probleem voorstelt in de oceaanstroming van 300 x 300 voor ons. Een kleinere matrix is fysisch gezien niet interessant.
Hij heeft een heleboel problemen van de vorm Ax=\lambda B x. Hierbij is B singulier. Maar onze mpc kan zulke problemen niet aan. Aangezien de tool niet aangepast wordt moet zo'n gegeneraliseert eigenwaardeprobleem omgeschreven worden tot een gewoon eigenwaardenprobleem (als dit mogelijk is). Misschien heeft Van Dorsselaer een programma dat psa van gegeneraliseerde eigenwaardenproblemen tekent. | ||
| Tijmen, Petra & Arthur | GGIB (Gui Gaat Iets Beter) | 2001-01-25 15:50:43 |
| Op de voortgangspagina staat een derde screenshot van de GUI. Alle kleine bugs lijken te zijn verwijderd. Aan de documentatie wordt nog gewerkt. | ||
| Dik, Gerben en Ildiko | Probleem | 2001-01-18 09:45:59 |
| Voor een interessant probleem in electrische circuits is de matrix die het systeem beschrijft elke tijdstap anders (dus tijds- en stroomafhankelijk). Dit kan niet onderzocht worden met psa. Een probleem met elektrische circuit valt dus af.
Meneer Barkema had ook geen goed probleem dat ons onderzocht kon worden. Hij zei nog dat meneer Hans Dijkstra misschien nog een goed probleem in de stromingsleer had. Hier zal nog even naar gekeken worden. Als meneer Hans Dijkstra geen voorbeeld heeft gaan we een standaard matrix uit de matrixmarket gebruiken. | ||
| Arthur | Notulen 16-1-2001 | 2001-01-16 16:27:16 |
| De notulen van dinsdagmiddag, 16-1-2001 staan hier. | ||
| Arthur | Matrix-Market tools | 2001-01-15 10:41:06 |
| Voor het gebruik van testproblemen van matrixmarket zijn de routines mmread, mmwrite en mminfo beschikbaar.
In feite zullen we alleen de eerste gebruiken. De files staan in /stud/CS2000/Project/gui/mpc (MI). Let op!: Bij het gebruik van een sparse-opgeslagen matrix wordt deze ook als sparse matlab-matrix opgebouwd. In je systeemspecificatie in MPC, moet je dan iets gebruiken als:
| ||
| Jop | notulen van het nieuwe jaar | 2001-01-08 17:38:38 |
| De notulen van 8 januari 2001 zijn af. | ||
| Gerben en Ildikó | Gelukt!!!!! | 2001-01-08 12:29:38 |
| Met een andere discretisatie is het ons wel gelukt om een goed instabiel circuit te krijgen dat met pseudespectra onderzocht kan worden. Een voorbeeld is hier te vinden. | ||
| Joost | Notulen 05-01-2001 | 2001-01-07 13:37:03 |
| De notulen naar aanleiding van het gesprek met de opdrachtgever zijn hier te vinden. | ||
| Jop & Joost | Toevoeging continuer | 2001-01-05 14:05:50 |
| Er is een mogelijkheid om de epsilonwaarde af te ronden toegevoegd. Deze
staat nu op 'geen actie', maar zou via userinput op bijvoorbeeld 1 gezet kunnen worden, zodat 0.00053 naar 0.0005 wordt omgerekend en dus de curve voor de nieuwe epsilonwaarde wordt uitgerekend. Het opgeven van een willekeurige epsilon heeft meer voeten in de aarde en wordt niet meer geimplementeerd. | ||
| Joost | Afspraak opdrachtgever verzet | 2000-12-22 11:11:33 |
| De afspraak met H.A. van der Vorst is verzet naar vrijdag 5 januari 2001, 10:00 uur. | ||
| Dik, Gerben, Ildikó | psa van instabiel circuit | 2000-12-21 15:06:06 |
| Hier is het psa van de door Jop voorgestelde matrix te zien. Hier is dt=0.000001 Dit geeft grote eigenwaarden. | ||
| Gerben | Notulen 19 december | 2000-12-19 16:35:37 |
| De notulen van de vergadering van 19 december zijn hier te vinden.
Let op de datum van de volgende afspraak: maandag 8 januari. | ||
| Petra, Tijmen & Arthur | GGG (Gui Gaat Goed) | 2000-12-19 13:53:16 |
| De GUI nadert haar voltooiing. Het assenstelsel kan op diverse manieren gezoomd worden.
Petra meldde drie berichten terug al dat de control-parameters ingesteld kunnen worden. Tijmen is druk bezig met im- en export-functionaliteiten. Gaat ook goed, maar heeft nog wat tijd nodig. Op de GUI-pagina staat een tweede screenshot. (alle mooie schermpjes van Tijmen staan hier helaas niet bij, maar ze zijn er al wel!  . ) | ||
| Joost | Afspraak opdrachtgever | 2000-12-19 11:42:26 |
| De volgende afspraak met de opdrachtgever is vrijdag 22-12 14:00. | ||
| Jop & Joost | code update | 2000-12-14 16:19:53 |
| De fortran code is leesbaar en overzichtelijk gemaakt,
inclusief commentaar. Ook zijn de fortran modules aan de mpc gekoppeld en in de betreffende dir gezet. In diezelfde dir op het MI-account staat nu ook een file estimate_radius.m welke de max_x en max_y oplevert, zodat in de mpc een schatting voor het assenstelsel kan worden gemaakt. | ||
| Petra | Gui: control parameters | 2000-12-13 12:59:59 |
| De control parameters voor de continuer kunnen nu worden aangepast.
De gebruiker kan nu bv. het maximaal aantal punten en de tolerantie instellen. | ||
| Joost & Jop | Fortran succesvol | 2000-12-12 17:43:25 |
| De SVD-routine in Fortran werkt nu prima samen met Matlab,
en er worden goede resultaten behaald: voor grcar(64, 3) 204 sec. vs 112 seconden! De files staan in ~/source/our_addons/fsvd.zip | ||
| Arthur | notulen 12-12-2000 | 2000-12-12 16:21:31 |
| De notulen van vanmiddag staan online. (Hier).
Leest ze allen aandachtig! 
| ||
| Petra, Tijmen & Arthur | Matlab GUI en bestandslokatie | 2000-12-01 11:19:38 |
| De nieuwe directory is door ons bezet in een subdir Project/gui.
Hierin staat de psagui van Trefethen, de Matlab continuer van Kuznetsov, en... De Matlab Pseudospectra Continuer! MPC is dus ons eigen programma, proberen staat vrij, zolang niet wordt gerommeld middels 'propedit', 'guide', 'save fig' etc.
| ||
| Dik, Gerben, Ildiko | circuits en qstar | 2000-11-30 10:48:16 |
| Bij wiskunde hebben we geen CS2000 account gekregen. Wel is er een directory CS2000 aangemaakt (/stud/CS2000) waarin wij kunnen werken. Hierin staat ook de benodigde software.
Simulatieprogramma's bij natuurkunde en wiskunde werken nu allebei. Er is een (instabiel) circuit gebouwd. Deze zal binnenkort m.b.v. qstar onderzocht worden op non-normal form etc. | ||
| Petra, Tijmen en Arthur | voortgang GUI | 2000-11-24 14:46:38 |
| Om toch even de hoofden wakker te schudden: het gaat best goed met de GUI. Kijk voor een eerste screenshot op de GUI-pagina. | ||
| Dik, Gerben en Ildikó | Programma's | 2000-11-23 15:51:58 |
Tot onze grote frustratie zijn onze verwoede pogingen om een simulatieprogramma of/en account te regelen vastgelopen op de burocratie van het MI. 
Ze hebben Prof. van der Vorst gevraagd, maar Wim Bomhof moet ook maandag nog meebeslissen op de dan geplande vergadering. Bij natuurkunde stelt men daarentegen alles in het werk om onze simulaties mogelijk te maken. Door problemen met fabrikant van de andere software zal dit echter nog even duren. Er is al een wedstrijd uitgeschreven door onze groep: welke systembeheerder stelt ons het eerste tevreden. Prijsgeld is nog niet vastgesteld.
| ||
| Jop & Joost | Failed C linking | 2000-11-22 16:37:43 |
| Het linken van de lapack library naar een mex file, benodigd voor Matlab
is niet gelukt, CC en gcc lopen beiden op een ander punt vast en lijken niet te combineren. De oplossing wordt nu gezocht in een Fortran library. | ||
| Tijmen | Notulen & Co. | 2000-11-22 12:06:32 |
| De notulen van dinsdag 21 november staan online. De weekkalender is ook bijgewerkt. | ||
| Ildiko | Notule 14-11-2000 | 2000-11-20 11:55:00 |
| De notulen van afgelopen dinsdag zijn hier te vinden. | ||
| Dik, Gerben en Ildiko | programma's electr. circuits | 2000-11-17 11:08:35 |
| Op ruunat is een simulatieprogramma voor electrische circuits geinstalleerd. W. Bomhof heeft nog een ander goed programma om simulaties mee te draaien dat matlab gebruikt. Deze geeft ook de gewenste matrices. Kost echter 20 mb geheugen. Proberen daarom een account bij wiskunde te regelen. Systeembeheer wil programma eventueel wel op het netwerk installeren. | ||
| Joost & Jop | Verdere verbeteringen kernel | 2000-11-15 18:09:59 |
| SVD berekeningen worden nu maar 1 maal uitgevoerd, gebruik hiervoor de methodes maakcurve3.m en svdboth.m. De winst die wordt behaald is geen factor 2, zoals gehoopt, want het is niet zo dat na elke aanroep van de functie een jacobiaan wordt gevraagd (op dezelfde positie) of andersom. De winst is ongeveer 1.3 (zeer grove schatting).
C-Lapack implementatie bijna voltooid, alleen stdlib.h nog debuggen | ||
| Arthur | Notulen 7 november | 2000-11-10 19:31:06 |
| Beter laat dan nooit. De notulen van dinsdag 7 november staan hier.
De week-kalender op de startpagina is ook bijgewerkt. | ||
| Joost & Jop | afgeleide en svd in C | 2000-11-08 17:07:58 |
| We hebben geprobeerd om C-LAPACK aan de praat te krijgen, met als doel de daarin gedefinieerde svd te gebruiken voor een versnelling in ons programma. Compileren is gelukt op ruunat, maar een versie die op SunOS wil draaien, is nog niet gelukt.
Ten tweede hebben we de matlab files uitgebreid, zodat nu ook de symbolische afgeleide wordt gebruikt. De files zijn te vinden in ~/source/our_addons. Momenteel wordt in zowel svdfunction.m als in svdjacob.m dezelfde (dure) berekening uitgevoerd. Er moet dus nog een uitbreiding worden gedaan om dubbel werk te voorkomen. | ||
| Arthur | Planning GUI-implementatie | 2000-11-07 09:57:30 |
| Tijmen, Petra en Arthur zijn bezig aan de GUI voor de te ontwikkelen tool. De voortgang wordt bijgehouden op deze pagina. | ||
| Dik, Gerben en Ildikó | Gesprek met Wim Bomhof | 2000-11-06 11:43:33 |
| De notulen van de bespreking met Wim Bomhof over elektrische circuits staan op het web.
| ||
| Gerben en Joost | Notulen overleg opdrachtgever | 2000-11-03 14:14:17 |
| De notulen van het overleg met de opdrachtgever zijn hier te vinden. | ||
| Joost & Jop | c + matlab | 2000-11-02 17:13:50 |
| Hebben een c module aan de praat die de kleinste singuliere waarde zoekt, en van matlab kan worden aangeroepen.
Echter de implementie van de rekenkernel (gevonden op www) rekent ook een hoop andere onzin uit, zodat matlab toch sneller is dan de C module. Voor de liefhebbers csvd.cc. | ||
| Jop | Vergelijkende test tussen psagui en de matlab continuation toolbox | 2000-11-01 13:15:41 |
| Een wrapper gemaakt voor de toolbox: gebruik in matlab x = maakcurve(x0, y0); De matrix wordt gedefinieerd in de file 'initmatrix.m'. Met deze wrapper een vergelijk tussen de psagui en de continuation toolbox gemaakt. | ||
| Joost & Jop | toolbox + pseudospectra | 2000-10-31 17:31:59 |
| We hebben de toolbox uitgeprobeerd om pseudospectra te tekenen, met mooie resultaten. Performance is op diverse punten te verbeteren (zie ~/source/cm/TODO), maar nu al is de performance niet onaardig. De files svd* in diezelfde directory zijn te gebruiken voor testwerk, zie readme voor details. | ||
| Arthur en Tijmen | JNI tijds-test | 2000-10-31 13:05:27 |
| De implementatie van ons programma kan mogelijk in C/C++ zijn met een interface in Java en een koppeling via de Java Native Interface.
We hebben een testprogrammaatje gemaakt, dat aantoonde dat juist Java sneller is! 
Kijk hier voor de test-resultaten. | ||
| Joost & Jop | nieuwe trucs | 2000-10-30 16:48:21 |
| Onderzoek naar verbeteren curve-tracing systeem: in corrector lijkt geen verbetering mogelijk, Newton iteratie is optimaal zolang je alleen de eerste afgeleide gebruikt; de tweede afgeleide uitrekenen is te duur. In de predictorfase kan nog iets gewonnen worden: 3 idee-en
1) Dynamische stapgrootte - gebruik het verschil tussen twee opeenvolgende gradienten 2) Niet iedere stap een correctorstap toepassen - vraag wanneer wel, wanneer gevaarlijk, dynamisch bepalen? 3) Adams-Bashford ipv Euler Verder: het artikel van Bruhl is in de bibliotheek te vinden, en er is nog geen implementatie van Cobra gevonden, ondanks verwoedde zoekpogingen. | ||
| Joost | afspraak opdrachtgever | 2000-10-28 15:59:36 |
| De volgende afspraak met de opdrachtgever is vrijdag 3 november om 13:30. | ||
| Joost | Notulen 24-10-2000 | 2000-10-24 18:42:19 |
| De notulen van de vergadering van 24-10-2000 zijn
hier te vinden. | ||
| Jop | Matlab +C | 2000-10-24 16:19:12 |
| Uitgezocht of Matlab en C te combineren zijn. Het antwoord is ja, en het is niet al te ingewikkeld. In het kort komt het erop neer dat je in de C-file een header-file moet includen (mex.h), en een nieuwe mainfunctie aanlegt, met de naam mexFunction(...). Vervolgens compileer je de boel met een speciale compiler genaamd mex. Nu wordt er een file gemaakt met de naam filenaam.ccsol. De functie is nu aan te roepen vanuit matlab met het voor de hand liggende commando: filenaam(opties) of [a, b] = filenaam(opties). Het is dus zeer gebruikeersvriendelijk aan de matlabkant. In C wordt het iets lastiger als je vanuit matlab veel (verschillende) argumenten wilt meegeven, en/of veel verschillende argumenten wilt retouneren. Zie verder de bookmarks en de nauwkeurigere beschrijving. | ||
| Ildikó | Artikelen over curve-tracing | 2000-10-17 16:34:09 |
| Hoi allemaal. Ik heb twee interessante artikelen gevonden, die
jullie in de Bookmarks kunnen vinden door Internet. Op de Internetpagina, waar ze te vinden waren zijn er nog een aantal artikelen genoemd, die interessant voor ons kunnen zijn, maar er waren geen linken bijgezet. De artikle van Brühl heb ik tot nu toe alleen voor USD 30 gevonden bij journaal BIT. | ||
| Ildiko | Notulen berekening van pseudospectra | 2000-10-16 10:31:05 |
| De notule van de bespreking van het algorithme van de berekening van pseudospectra staat bij notulen. Je vind het bij het Notulen knoopje. | ||
| Gerben & Arthur | bezoek aan Van Dorsselaer | 2000-10-13 13:03:48 |
| Het gesprekje met Jos van Dorsselaer staat hier.
Vanmiddag krijgen we nog een aantal blaadjes, waar hij handige aantekeningen over psa heeft uitgewerkt. | ||
| Gerben | Informatief gesprek | 2000-10-12 15:38:21 |
| Bij Jos Dorsselaer langs geweest voor informatie over pseudospectra en toepassingen. Hij gaf o.a. 2 voorbeelden mee die we konden bekijken om pseudospectra te leren doorgronden. Afspraak gemaakt om langs te komen op vrijdag 13 oktober 11:00. | ||
| Dik & Jop | Pseudospectra ELectronisch circuit | 2000-10-10 15:37:37 |
| We hebben een aantal matrices gemaakt van resonerende electronische circuits en daan het pseudospectrum van getekend. Deze plaatjes zijn op de cs2000 account gepost in de directory ~/electro. Je kan ook klikken voor een voorbeeldje. Dik probeert op dit moment de diepere betekenis van deze plaatjes te doorgronden. | ||
| Petra | programma | 2000-10-10 15:32:08 |
| De pseudospectra GUI is te vinden op cs2000 in de subdirectory programma.
Je kunt de file psagui.tar.gz dan ftp'en waarheen je wilt. | ||
| Joost | Notulen overleg opdrachtgever | 2000-10-09 19:26:16 |
| Hier zijn de notulen van het overleg met de opdrachtgever op 06-10-2000 te vinden. | ||
| Tijmen | Notulen 6 oktober | 2000-10-08 21:22:51 |
| De notulen van vrijdag 6 oktober staan op de homepage, zie:
not_06102000.html. | ||
| Joost | Resultaat contact opdrachtgever | 2000-10-06 17:36:49 |
| Vanmiddag met Gerben een gesprek gehad bij de opdrachtgever. Goede
reacties op onze bevindingen over pseudospectra. De problemen die we voorstelden waren bruggen/gebouwen/tunnels en electrische circuits. Over beiden was hij zeer te spreken; hij heeft een aantal contactpersonen genoemd. Een uitgebreidere beschrijving volgt dinsdag op de bijeenkomst. | ||
| Joost | Afspraak opdrachtgever | 2000-10-04 13:10:23 |
| De afspraak met de opdrachtgever is op vrijdag 6 oktober, 12 uur. | ||
| Arthur | Notulen 3 oktober | 2000-10-04 10:13:24 |
| De notulen van dinsdag 3 oktober staan op de homepage, zie: not_03102000.html. | ||
| Arthur | Bestanden via homepage op de account zetten | 2000-10-03 16:28:57 |
| Ik kwam erachter dat je in de bibliotheek van MI (waar een licentie is geinstalleerd voor de SIAM-archieven) niet kunt FTP'en etc. En dus geen (bijv.) Postscript-files in de artikelen directory kunt zetten.
Als je toch files op de RUUNat-account wilt plaatsen kan dat daar dus niet. Nu heb ik iets gemaakt waarmee je via internet de files vanaf de lokale harde schijf van elke computer op RUUNat kunt plaatsen.
| ||
| Joost | Afspraak opdrachtgever | 2000-09-29 17:04:16 |
| Verzoek voor een afspraak ingediend bij de opdrachtgever. Mogelijke tijden
zijn woensdag 13:30 en donderdag 9:00. | ||
| Gerben | lezing Trefethen | 2000-09-28 14:59:31 |
| Lezing over pseudospectra door L.N. Trefethen bijgewoond met Dik, Job en Petra. Daar werden de 2 artikelen die we bij begin van project ontvangen hadden behandeld. | ||
| Arthur | notulen online | 2000-09-28 08:14:58 |
| De notulen van de laatste twee bijeenkomsten staan op de homepage. Deze zijn te vinden onder het knopje notulen links in de menubalk. | ||
| Jop | Verslagje | 2000-09-26 16:45:53 |
| Het verslagje van 26 september 2000 is af. Zie de bookmarks, de map of je email. | ||
| Joost | Contact opdrachtgever | 2000-09-26 10:18:54 |
| De opdrachtgever is op de hoogte gesteld van het bestaan van de site
www.phys.uu.nl/~cs2000. Verder een aantal huishoudelijke mededelingen gemaakt. | ||
| Arthur | logboek functioneel | 2000-09-25 12:19:03 |
| Ik heb een logboek aangemaakt op onze website. Voor het publiek is alleen het logboek toegankelijk. Leden kunnen inloggen en vervolgens het logboek bijwerken.
11-10-2000: Geen nieuw logitem waard, maar toch even vermelden: eenmaal ingelogd, zie je naast ieder log-item 'edit' staan. Je kunt dan fouten verbeteren. 27-10-2000: De 'edit'-mogelijkheid zit nu ook bij de bookmarks, dus als je een link verkeerd hebt getypt, of vergeten haakjes te sluiten, waardoor de hele pagina verkeerd is, kun je het zelf verbeteren. | ||
| Arthur | cs2000 account geregeld | 2000-09-21 09:34:12 |
| Er is een account aangemaakt op ruunat, waar we onze files en homepage kwijt kunnen.
Onze email is cs2000@phys.uu.nl (deze is niet meer beschikbaar). De homepage is te bereiken op http://www.phys.uu.nl/~cs2000 (deze is niet meer beschikbaar). | ||
